ऑपरेशन पोलो दरम्यान गोविंदभाई आणि भाऊसाहेब वैशंपायन दिल्लीमध्ये होते. निजामाच्या शरणागतीची बातमी मिळताच ते त्वरित मनमाडमार्गे हैदराबादला रवाना झाले. डॉ. मेलकोटे आणि दिगंबरराव बिंदू देखील हैदराबादला आले. स्वामीजींची १७ सप्टेंबर १९४८ रोजी कारागृहातून सुटका करण्यात आली. नव्या राज्यात जात-धर्म न पाहता सर्वांना समान संधी मिळेल असा संदेश स्वामीजींनी रेडिओवरून सर्व समाजाला दिला. गोविंदभाईंचीही हीच भूमिका होती. रझाकारांच्या अत्याचारांचा प्रतिकार करताना निरपराध मुस्लिम नागरिकांचे रक्षण करणे, त्यांना भयमुक्त करणे हे त्यांच्या मते अत्यंत आवश्यक होते. त्यांच्या या स्पष्ट, न्याय्य भूमिकेनेच हैदराबादचा लढा एक धर्मनिरपेक्ष, लोकशाहीवादी आणि समतेचा पुरस्कार करणारा लढा ठरला.

स्वातंत्र्यानंतर गोविंदभाई आणि स्वामीजी औरंगाबादमध्ये प्रथमच आले. तेथे दोघांचे उत्साहात स्वागत झाले. शहरात मिरवणूक, सत्कार, आणि संघटनेसाठी नागरिकांनी पन्नास हजार रुपयांची थैली देऊन कृतज्ञता व्यक्त केली. स्वामीजी पुन्हा हैदराबादला परतल्यानंतर गोविंदभाईंनी औरंगाबाद व परभणी जिल्ह्यांचा दौरा केला. ते संघटनेच्या पुनर्गठनाला लागले.

ऑपेरेशन पोलोनंतर भारत सरकारने हैदराबादमध्ये सैनिकी प्रशासन लागू करून जनरल जे. एन. चौधरी यांची प्रशासन प्रमुख म्हणून नियुक्ती केली. परंतु हे प्रशासन लवकरात लवकर संपवावे आणि जबाबदार सरकारची स्थापना करावी असा गोविंदभाईंचा आग्रह होता. हैदराबादमध्ये प्रशासन सुरळीत करण्यासाठी सैनिकी प्रशासनाने मद्रास प्रांतातील तेलगू भाषिक अधिकारी नियुक्त केले. मात्र त्यांच्या कामकाजाची पद्धत वेगळी होती आणि ‘मुलकी’ जनतेच्या गरजा समजण्यात ते कमी पडत होते, त्यामुळे असंतोष वाढला होता. वतनदारी नष्ट करून जमीन हक्कात बदल करणे आवश्यक होते. गोविंदभाईंना वाटत होते की सैनिकी प्रशासनात मानवी स्पर्श आणि जनतेच्या हिताची दृष्टीच नव्हती. गोविंदभाईंना हे लोकशाहीशी विसंगत वाटले.

गोरगरीब जनतेला अन्नधान्य मिळणे कठीण झाले होते. लोकप्रतिनिधींची एक अन्न वाटप समिती स्थापण्याची सूचना सैनिकी राजवटीला दिली गेली. परंतु त्याकडे दुर्लक्ष करण्यात आले. अशा परिस्थितीत लोकांचा सहभाग वाढवण्याची लोकशाही प्रक्रिया तातडीने सुरू करण्याची मागणी गोविंदभाईंनी प्रशासनाकडे मांडली. पण त्यांच्या सूचनांकडे दुर्लक्ष झाले. वरिष्ठ नोकरशहा आणि सत्तेची चव चाखू पाहणारे नेतेच पुढे सरसावत आहेत असे गोविंदभाईंच्या नजरेस आले.

गोविंदभाई अस्वस्थ झाले. सामान्य जनतेसाठी कार्य करण्याची मानसिकता प्रशासनात नव्हती. सैनिकी यंत्रणेच्या विरोधात ‘हैदराबाद छोडो’ असे आंदोलन उभे करावे असा विचार ते करू लागले. गोविंदभाईंसाठी राजकीय स्वातंत्र्य ही केवळ पहिली पायरी होती. त्यांना खरे अपेक्षित होते ते सामाजिक व आर्थिक विषमतेचे उच्चाटन. त्यांनी स्टेट काँग्रेसच्या माध्यमातून लढा दिला तो केवळ निजामविरोधी नव्हता, तर जमीनदारी नष्ट करून शेतकरी आणि शेतमजुरांच्या हिताचे धोरण रुजवण्यासाठी होता. म्हणूनच त्यांच्या नेतृत्वातील चळवळ खेड्यापाड्यांपर्यंत पोहोचली. स्वातंत्र्याचा संघर्ष अजून संपलेला नाही याची जाणीव गोविंदभाईंना झाली.

स्वातंत्र्यपूर्व काळात गोविंदभाई ‘फ्रीडम’ हे साप्ताहिक चालवत होते. स्वातंत्र्यानंतरही त्यांनी त्यात सातत्याने लेखन करून कार्यकर्त्यांचे वैचारिक मार्गदर्शन केले. १९४९ मध्ये त्यांनी हे साप्ताहिक बंद केले. त्यांना काँग्रेसच्या धोरणांबद्दल शंका होती. त्यांच्या धोरणांवर भांडवलशाही प्रभाव आहे आणि शोषितांच्या मूलभूत प्रश्नांकडे ते दुर्लक्ष करत आहेत असा त्यांचा आरोप होता. स्वातंत्र्यानंतर काँग्रेसने सत्ताकांक्षा सोडली पाहिजे असे गांधीजींप्रमाणेच गोविंदभाईंचेही मत होते. 

या विचारांना दिशा मिळावी म्हणून स्वामीजींच्या विनंतीवरून गोविंदभाईंनी डेहराडून येथे सरदार वल्लभभाई पटेल यांची भेट घेतली. त्यांनी आपल्या चिंतेचे मुद्दे स्पष्ट मांडले. सरदार पटेलांनीही गोविंदभाईंशी प्रदीर्घ चर्चा केली. काँग्रेसच्या धोरणांवर भांडवलदारांचा प्रभाव आहे, हे गोविंदभाईंना त्या संवादातून कळून आले. ज्या समाजवादी, समताधिष्ठित विकासाचा त्यांना आग्रह होता, तो काँग्रेसच्या माध्यमातून शक्य होणार नाही हे त्यांना कळून चुकले. गोविंदभाईंचे विचार अधिक स्पष्ट झाले. स्वातंत्र्यानंतरचा त्यांचा संघर्ष हा केवळ सत्ता परिवर्तनासाठी नव्हता. तो समाजरचना बदलण्यासाठी होता, जनतेच्या खऱ्या मुक्तीसाठी होता.

स्टेट काँग्रेसमध्ये सर्वच कार्यकर्ते समतेवर, लोकशाहीवर आधारित विचारांचे नव्हते. काहीजण सरंजामी मानसिकतेचे, वस्तुवादी आणि मवाळ विचारांचे होते. या गटाने स्वामीजी, गोविंदभाई आणि विशेषतः मराठवाड्यातील त्यांच्या सहकाऱ्यांविरुद्ध सतत अपप्रचार सुरू ठेवला होता. हैदराबाद संस्थान स्वतंत्र झाल्यानंतर मराठवाडा, तेलंगणा आणि कर्नाटक या भागांचे अनुक्रमे मराठी, तेलुगू आणि कानडी भाषिक राज्यांमध्ये विलिनीकरण व्हावे, अशी अपेक्षा होती. पण या विचाराला या मवाळ गटाचा तीव्र विरोध होता. स्वातंत्र्यप्राप्तीनंतर नव्या समाजरचनेचा पाया घालणारी जी स्वप्ने होती ती या गटाच्या हस्तक्षेपामुळे अपूर्णच राहतील की काय, अशी भीती गोविंदभाईंना आणि त्यांच्या सहकाऱ्यांना वाटू लागली.

हैदराबादमधील परिस्थिती निवडणूक घेण्यास अजून योग्य नाही असा निष्कर्ष नेहरू आणि वल्लभभाई पटेलांनी काढला होता. ऑक्टोबर १९४८ मध्ये स्टेट काँग्रेसच्या कृती समितीने मवाळ नेत्यांचे सदस्यत्व रद्द केले. पुढे त्यांनी समांतर काँग्रेस स्थापन केली. नंतर दिल्लीतील मध्यस्थीमुळे हे नेते परत काँग्रेसमध्ये आले. परंतु स्वामीजी व गोविंदभाई यांच्यावर कम्युनिस्ट समर्थक असल्याचा अपप्रचार मवाळांनी सुरू केला. उमरी बँक लुटीप्रकरणी स्वामीजी आणि गोविंदभाई यांच्यावर  खोटे आरोप करण्यात आले.

या अंतर्गत संघर्षाचा विस्फोट होऊ नये म्हणून गृहमंत्री सरदार वल्लभभाई पटेल यांनी हस्तक्षेप केला. त्यांनी संघटनात्मक निवडणुका न घेता तडजोड म्हणून स्वामीजींऐवजी दिगंबरराव बिंदू यांना स्टेट काँग्रेसचे अध्यक्षपद दिले. मात्र ही तडजोड गोविंदभाईंना मान्य नव्हती. स्वामीजींना काँग्रेस सोडणे शक्य नव्हते, परंतु गोविंदभाईंनी आणि त्यांच्या काही सहकाऱ्यांनी यावर स्पष्ट भूमिका घेतली. १९५० मध्ये गोविंदभाई, बाबासाहेब परांजपे, भाऊसाहेब वैशंपायन, आ. कृ. वाघमारे यांच्यासह अनेकांनी स्टेट काँग्रेसच्या सदस्यत्वाचे राजीनामे दिले. ही घटना समजताच मराठवाड्यातील असंख्य कार्यकर्त्यांनी गोविंदभाईंच्या बाजूने उभे राहत राजीनामे सादर केले. बीड येथे भरलेल्या स्टेट काँग्रेसच्या मराठवाडा प्रांतिक कमिटीच्या बैठकीत अनेकांनी हे राजीनामे मागे घ्यावेत असा आग्रह केला. 

परंतु गोविंदभाई आणि त्यांचे सहकारी आपल्या निर्णयावर ठाम राहिले.