महाराष्ट्र परिषदेचे लातूर येथील दुसरे अधिवेशन संपले आणि गोविंदभाई आणि त्यांचे सहकारी संघटना कार्याला लागले. स्वामीजींनी आपला संपूर्ण वेळ महाराष्ट्र परिषदेला देण्याचे मान्य केले. त्यांनी मोमिनाबाद कायमचे सोडले आणि ते हैदराबादमध्ये स्थायिक झाले. मराठवाड्यातील परिषदेच्या कार्यकर्त्यांत चैतन्याचे वातावरण निर्माण झाले. 

संस्थानातील तेलगू, कानडी आणि मराठी भाषिक आपापल्या विभागात सामाजिक, सांस्कृतिक आणि काही अंशी राजकीय कार्य करत होते. तेलगू भाषिकांची आंध्र महासभा, कानडी भाषिकांची कर्नाटक परिषद आणि मराठी भाषिकांची महाराष्ट्र परिषद या विविध संस्था संस्थानात काम करत होत्या. परंतु एखाद्या केंद्रीय संस्थेचा संस्थानात अभाव होता. संस्थानात असलेले विविध भाषिक, विविध धर्म आणि जाती यांना एकत्र घेऊन संस्थानातील नागरी हक्कांचे रक्षण करणे आणि संस्थानात ‘जबाबदार सरकार व्यवस्था’ निर्माण करणे यासाठी अशा केंद्रीय संस्थेची आवश्यकता होती. या उद्देशाने ‘हैदराबाद स्टेट काँग्रेस’ या संस्थेची संकल्पना समोर आली. 

दि. २९ जून १९३८ रोजी संस्थानातील काही मवाळ नेत्यांची हैदराबाद येथे एक बैठक झाली. या बैठकीत ‘हैदराबाद स्टेट काँग्रेसची’ स्थापना करण्याचे निश्चित झाले. संस्थेच्या संचालनासाठी एक ‘हंगामी समिती’ निवडण्यात आली. स्वामीजी, आ. कृ. वाघमारे, दिगंबर बिंदू यांसारख्या जहाल नेत्यांना दूर ठेवण्यात आले असले तरी सभेनंतर सभासद नोंदणीस सुरुवात झाली तेव्हा जहाल नेत्यांनी आपले सभासदत्वाचे अर्ज भरले.

७ ऑगस्ट १९३८ रोजी हंगामी समितीने एक निवेदन जाहीर केले. त्यात संस्थेच्या ध्येयधोरणाची मांडणी केली. हैदराबाद संस्थानात निजामी राज्यसंस्थेत राहून ‘जबाबदार राज्यपद्धती’ निर्माण करणे हा संस्थेचा उद्देश आहे. तसेच, राष्ट्रीय ऐक्य वाढावे आणि देशाचा बौद्धिक, नैतिक आणि आर्थिक विकास होईल यासाठी संस्था प्रयत्न करेल अशा आशयाचे हे निवेदन होते. या निवेदनाचा अंतर्भाव करून संस्थेच्या स्थापनेचा परवानगी अर्ज सरकारकडे पाठवला गेला.

अवघ्या महिन्याभरात हैदराबाद शहरात आणि संस्थानाच्या तिन्ही भाषिक विभागात स्टेट काँग्रेसचे १,२०० हून अधिक प्राथमिक सभासद नोंदवले गेले. परंतु मुसलमानांचे फारसे समर्थन या चळवळीला मिळाले नाही. ‘जबाबदार राज्यपद्धती’ म्हणजे ‘बहुसंख्य हिंदूं’चे वर्चस्व असा अपप्रचार मुसलमान नेत्यांनी केला. हंगामी समितीने ९ सप्टेंबर १९३८ रोजी सर्व सभासदांची सभा घेऊन कार्यकारी मंडळाची रीतसर निवडणूक घेण्याचे घोषित केले. परंतु ८ सप्टेंबरला एका गॅझेटद्वारे निजाम सरकारने स्टेट काँग्रेसला बंदी घालण्याचा हुकूमनामा प्रसिद्ध केला. ‘संस्थानात स्थापन होणारी संस्था धर्म अथवा जातींवर आधारित असू नये आणि अशा संस्थेचा संस्थानाच्या बाहेरील कोणत्याही राजकीय पक्षाशी कोणताही संबंध असू नये या दोन प्राथमिक आवश्यकता स्टेट काँग्रेस पूर्ण करत नाही, तेव्हा या संस्थेवर ‘बंदी हुकूम’ जाहीर करण्यात येत आहे.’ अशा तऱ्हेने अस्तित्वात येण्याअगोदरच स्टेट काँग्रेसवर बंदी जाहीर करण्यात आली.

मवाळ गटाचे नेते जी. रामाचारी यांचे निजाम सरकारी बरेच वजन होते. स्टेट काँग्रेसला परवानगी मिळवून देण्याची खात्री रामाचारी आणि इतर मवाळ नेत्यांना होती. परंतु निजाम सरकारने स्टेट काँग्रेसला बंदी जाहीर केली आणि मवाळ नेत्यांचे राजकारणात उलटे फासे पडले. स्टेट काँग्रेस आपल्या हाती राहावी असे मवाळ नेत्यांना वाटत होते परंतु सरकारने संस्थेवर बंदी आणली आणि वाटाघाटीचे सर्व मार्ग बंद झाले तेव्हा मवाळ नेते दिशाहीन झाले. बंदी लागू झालेली संस्था चालवणे म्हणजे सरकारचा रोष पत्करणे. कायदेभंग करून तुरुंगवासाला सामोरे जाण्याची तयारी या मवाळ नेत्यांची नव्हती. परिस्थिती हाताळण्यासाठी स्टेट काँग्रेसला आता एका जहाल नेतृत्वाची आवश्यकता होती. अशावेळी आपल्या आक्रमक विचारांसाठी परिचित असलेल्या स्वामीजींनी नेतृत्व आपल्या हाती घेतले आणि सत्याग्रह पुकारला. मवाळ नेते सत्याग्रहास तयार नव्हते. मवाळ नेत्यांनी हैदराबाद स्टेट काँग्रेसची धुरा जहाल गटाकडे सुपूर्द केली आणि पूर्णपणे तटस्थतेची भूमिका घेतली.

नव्या परिस्थितीत स्टेट काँग्रेसचे अध्यक्षपद सर्वानुमते गोविंदराव नानल यांच्याकडे आले. हे अध्यक्षपद साधे नव्हते. सरकारने ज्या संघटनेवर बंदी घातली आहे तिचे अध्यक्ष बनणे म्हणजे सरकार विरोधी लढ्यांचे नेतृत्व करणे होते. नानल यांच्या अध्यक्षतेखाली पाच सदस्यांची ‘कृती समिती’  नेमण्यात आली. गोविंदराव नानल अध्यक्ष, रामकिशन धूत सरचिटणीस आणि जनार्दन देसाई, रविनारायण रेड्डी आणि श्रीनिवासराव बोरीकर यांचा सदस्य म्हणून या कृती समितीत समावेश करण्यात आला.

२४ ऑक्टोबर १९३८ रोजी नानल यांनी त्यांच्या चार सहकाऱ्यांसह हैदराबाद येथे सत्याग्रह केला. गोविंदराव नानल, रामकिशन धूत, जनार्दन देसाई, रविनारायण रेड्डी आणि श्रीनिवासराव बोरीकर यांचा या सत्याग्रहाच्या पहिल्या तुकडीत समावेश होता. हैदराबाद संस्थानातील पहिल्या अहिंसक प्रतिकाराचा प्रारंभ झाला. नानलांनी सत्याग्रहासाठी दिवाळीच्या पाडव्याचा मुहूर्त ठरवला होता. सत्याग्रहाची सुरुवात हैदराबाद शहरातील सुलतान बाजार येथे झाली. सणाचा दिवस असूनही हजारोंच्या संख्येने लोक जमले होते. नानलांनी स्टेट काँग्रेसची स्थापना केल्याचे आणि आपण अध्यक्ष व इतर सत्याग्रही सदस्य असल्याचे जाहीर केले. सर्व सत्याग्रहींना अटक करून ‘चंचलगुडा केंद्रीय कारागृहात’ पाठवण्यात आले.

नानलांच्या पाठोपाठ स्वामीजींना सत्याग्रहींच्या दुसऱ्या  तुकडीचे सर्वाधिकारी म्हणून नियुक्त करण्यात आले. त्यांच्या तुकडीत त्यांच्या खेरीज व्यंकटेश कॅप्टन जोशी, राघवेंद्रराव दिवाण, राज रेड्डी आणि अप्पाराव यांचा समावेश होता. नानलांच्या नंतर तीन दिवसांनी म्हणजे २७ ऑक्टोबर १९३८ ला स्वामीजींनी सत्याग्रह केला. त्या सर्वांनाही पोलिसांनी अटक केली.

स्वामीजींच्या नंतर सत्याग्रहाच्या नियोजनाची जबाबदारी क्रमशः एच. सी. हेडा, दिगंबर बिंदू आणि रामचंद्र राव यांच्यावर सोपवण्यात आली. हैदराबाद शहरातून एकंदर सोळा तुकड्यांनी आठवड्यातून दोनदा किंवा तीनदा या क्रमाने सत्याग्रह करून अटक करून घेतली. औरंगाबाद येथे देखील सत्याग्रह करण्यात आले. औरंगाबाद केंद्राचे प्रमुख म्हणून गोविंदभाईंची नेमणूक झाली. बदलती राजकीय परिस्थिती जाणून गोविंदभाईंनी आपल्या विद्यालयाच्या नोकरीचा राजीनामा दिला आणि आपला पूर्ण वेळ देशकार्यासाठी देण्याचा निर्णय घेतला. गोविंदभाईंनी संपूर्ण मराठवाड्याचा दौरा केला आणि तरुणांना प्रेरणा दिली. यात गोविंदभाईंना अटक देखील झाली.

२४ डिसेंबर १९३८ या दिवशी अठरावा सर्वाधिकारी म्हणून काशिनाथ वैद्य यांनी सत्याग्रह करून गांधीजींच्या आदेशावरून सत्याग्रहाची मोहीम स्थगित केली. सत्याग्रह तात्पुरता स्थगित करण्यात आला आहे, अशी भूमिका श्री. वैद्य यांनी घेतली. सरकार यावर पुनर्विचार करेल आणि स्टेट काँग्रेस वरील बंदी उठवेल अशी आमची अपेक्षा आहे, असे प्रतिपादन देखील  त्यांनी केले. असे झाले नाही तर स्टेट काँग्रेसला परत सत्याग्रह सुरू करणे अनिवार्य होईल. अंदाजे ६०० सत्याग्रहींनी या सत्याग्रहात भाग घेतला.

स्टेट काँग्रेसचा सत्याग्रह चालू असताना इतर संस्था देखील सत्याग्रहात उतरल्या होत्या. हिंदू महासभा आणि आर्यसमाज यांनीही आपापले सत्याग्रह याचवेळी सुरू केले. या संघटनेचे सत्याग्रह धार्मिक मागण्यांवर आधारित होते. त्यांची व स्टेट काँग्रेसची गल्लत होऊ नये आणि तिच्यावर धार्मिक अथवा जातीयतेचा ठपका येऊ नये म्हणून गांधीजींनी स्टेट काँग्रेसचा सत्याग्रह स्थगित करण्याचा निर्णय घेतला. गांधीजींच्या या निर्णयाशी अनेक स्थानिक कार्यकर्ते सहमत नव्हते. अनेकांनी गांधीजींना आपल्या निर्णयापासून परावृत्त करण्याचे प्रयत्न केले. परंतु गांधीजींनी आपला निर्णय बदलला नाही.