गांधीजींच्या सल्ल्यानुसार हैदराबाद स्टेट काँग्रेसने २४ डिसेंबर १९३८ रोजी सत्याग्रह मागे घेतला. सत्याग्रह स्थगित झाल्यावर गांधीजींनी हैदराबादचे पंतप्रधान हैदरी यांना एक पत्र पाठविले. स्टेट काँग्रेसने आपला सत्याग्रह स्थगित करून शासनाला सहकार्य करण्याचे ठरविले आहे, असे या पत्रात गांधीजींनी लिहिले. शासनाने सहकार्याचा हात स्वीकारावा आणि स्टेट काँग्रेस वरील बंदी उठवावी. सत्याग्रहात पकडण्यात आलेल्या सर्व कार्यकर्त्यांना सोडून देण्यात यावे. निजाम सरकारने स्टेट काँग्रेसवरील बंदी उठवली नाही, मात्र टप्प्याटप्प्याने सत्याग्रहींची तुरुंगातून मुक्तता केली. 

सत्याग्रहाच्या अचानक स्थगितीमुळे कार्यकर्त्यांत एक नैराश्याचे वातावरण निर्माण झाले होते. सत्याग्रह स्थगित झाला असला तरी स्टेट काँग्रेसवरील बंदी उठली नव्हती. त्यामुळे संघटनेचे कार्य उघडपणे करणे शक्य नव्हते. त्यांनी सरकारशी पुन्हा बोलणी सुरू केली. स्टेट काँग्रेसचे नाव नॅशनल काँग्रेसशी मिळते जुळते असल्याने सरकार स्टेट काँग्रेसचा संबंध भारतातील नॅशनल काँग्रेसशी जोडत होते. यातून उपाय म्हणून स्टेट काँग्रेसचे नाव बदलावे असा युक्तिवाद मवाळ नेत्यांनी काढला. गांधीजींच्या संमतीने संस्थेचे नाव ‘नॅशनल कॉन्फरन्स’ ठेवावे असे ठरले. परंतु सरकार नवनवीन कारणे काढून संस्थेला परवानगी नाकारत होते. अखेर हा नाद मवाळांनी सोडला.

संस्थानात निर्माण झालेल्या परिस्थितीवरील विचार विनिमयासाठी आणि स्टेट काँग्रेसच्या कार्यकारिणीची निवड करण्यासाठी १२ आणि १३ सप्टेंबर १९३९ रोजी कार्यकर्त्यांची एक बैठक मनमाड येथे घेण्यात आली. बैठकीला गोविंदभाई देखील हजर होते. या सभेत अध्यक्षपदी नानल व सरचिटणीस पदी स्वामीजींची निवड करण्यात आली. बैठकीतील कार्यकर्त्यांनी संस्थानातील लढा सुरू ठेवण्याचा आपला निर्धार व्यक्त केला. गांधीजींनी दिलेल्या सल्ल्याप्रमाणे ‘विधायक कार्य समिती’ स्थापन करण्यात आली. ही समिती ग्रामोद्योग, सूतकताई, अस्पृश्यता निवारण, साक्षरता प्रसार इत्यादी विधायक कामे करण्यासाठी निर्माण करण्यात आली. 

मनमाडहून परतल्यानंतर गोविंदभाईंनी आपले संपूर्ण लक्ष समाज विकासाच्या कामांकडे वळवले. त्यांनी औरंगाबाद येथील सरस्वती भुवन शाळेच्या व्यवस्थापनाची जबाबदारी स्वतःच्या खांद्यावर घेतली. सर्वप्रथम त्यांनी संस्थेसाठी नवीन इमारत उभारण्याचा प्रकल्प हाती घेतला. शहरातले एक प्रसिद्ध व्यापारी पन्नालाल कोठावाला यांच्या मदतीने १९३२ मध्ये शाळेसाठी दहा एकर जमीन खरेदी केली. ही जमीन शहराच्या जवळ होती आणि केवळ तीन हजार रुपयांत मिळत होती. या जमिनीवर अर्धवर्तुळाकार शाळा इमारत बांधण्याचा आराखडा त्यांनी तयार केला. औरंगाबाद, हैदराबाद आणि गुजरात येथील अनेक दानशूर व्यक्तींना भेटून त्यांनी इमारतीसाठी आर्थिक मदत मिळवली आणि अल्प काळातच संस्थेची भव्य इमारत उभी राहिली.

या कामातच न थांबता गोविंदभाईंनी शहरात काही व्यायामशाळा सुरू करण्यासाठीही पुढाकार घेतला. त्यामध्ये अनेक तरुण सामील होऊ लागले, नियमित व्यायाम करू लागले. या सर्व तरुणांच्या गटाचे नेतृत्व अर्थातच गोविंदभाईंकडेच आले. त्यांच्या मार्गदर्शनामुळे ते शहरातील तरुणांचे आदराचे व प्रेरणेचे केंद्र ठरले.

वैजापूरसारख्या नेहमी दुष्काळाला तोंड देणाऱ्या तालुक्यातील शेतकऱ्यांची परिस्थिती जवळून समजून घेण्यासाठी गोविंदभाईंनी विशेष प्रयत्न केले. त्यांनी त्या भागात जाऊन शेतकऱ्यांची आर्थिक आणि सामाजिक अवस्था तपासून पाहिली. कोरडवाहू शेती असतानाही निजाम सरकार कोणतीही मदत न देता उलट भरमसाठ शेतसारा वसूल करत होते. यामुळे शेतकरी आणि शेतमजुरांचे जीवन अधिकच हलाखीचे झाले होते. तेथील शेतकऱ्यांच्या प्रश्नांवर गोविंदभाईंनी काम सुरू केले.

१९३९ साली औरंगाबाद येथे कॉ. हबीबबुद्दिन यांनी मजूर परिषद आयोजित केली. गोविंदभाईंनी या परिषदेत सक्रिय सहभाग घेतला. ही परिषद अतिशय यशस्वी ठरली. त्यावेळी डी. एल. पाठक ट्रेड युनियनचे नेतृत्व करत होते. ‘बॉम्बे क्रॉनिकल’चे संपादक सय्यद अब्दुल्ला देहलवी यांनी या परिषदेचे उद्घाटन केले. या मंचावर मराठवाड्यातील विणकर, शेतकरी आणि शेतमजुरांचे ज्वलंत प्रश्न सखोलपणे चर्चिले गेले. हातमाग कामगार व मजुरांच्या मोठ्या मोर्चाचे नेतृत्वही गोविंदभाईंनी केले. यात निजाम सरकारला त्यांनी एक निवेदन दिले. या प्रकरणात सरकारने त्यांना ‘कम्युनिस्ट पुढारी’ ठरवले, आणि तो शिक्का अखेरपर्यंत कायम राहिला.

गोविंदभाईंनी निजामशाही विरोधात उभारलेल्या चळवळींमुळे निजाम सरकारची चिंता वाढू लागली होती. आंदोलनाला वेळीच आवर घातला नाही, तर त्याचे परिणाम गंभीर होतील, याची जाणीव सरकारला झाली. डिसेंबर १९४० मध्ये गोविंदभाई, आ. कृ. वाघमारे आणि इतर काही आघाडीच्या कार्यकर्त्यांना अटक करण्यात आली. त्यांना बावीस महिन्यांच्या तुरुंगवासाची शिक्षा सुनावण्यात आली आणि बिदरच्या तुरुंगात पाठवण्यात आले.

तुरुंगात असतानाही गोविंदभाई शांत बसले नाहीत. त्यांनी वाचन, चिंतन आणि चर्चांमध्ये वेळ घालवला. तुरुंगात असलेल्या इतर कार्यकर्त्यांशी ते अनेक विषयांवर चर्चा करत आणि त्यांना मार्गदर्शन करत. काही काळानंतर गोविंदभाईंना बिदरहून वरंगल येथे, आणि नंतर औरंगाबादच्या हर्सूल तुरुंगात हलवण्यात आले. २४ ऑक्टोबर १९४२ रोजी त्यांची तुरुंगातून सुटका झाली. औरंगाबादमध्ये त्यांच्या स्वागतासाठी प्रचंड गर्दी उसळली. शहरातील रस्ते लोकांनी भरून गेले. त्यांचा जाहीर सत्कार करण्यात आला. या समारंभाला मोठ्या संख्येने लोक  उपस्थित होते. गोविंदभाईंचे बालपणीचे शिक्षक कर्वे गुरुजी सत्कार समारंभात व्यासपीठावर उपस्थित होते. गोविंदभाईंनी कर्वे गुरुजींना वाकून नमस्कार केला आणि त्यांचे आशीर्वाद घेतले. मराठवाड्यातील जनतेचे गोविंदभाई आता सर्वेसर्वा झाले होते.

ऑगस्ट १९४२ मध्ये स्वामीजींनी निजाम सरकारला पत्र पाठवले.  पत्रात जबाबदार शासन, नागरी स्वातंत्र्य, स्टेट काँग्रेसवरील बंदी उठवणे आणि राजकीय बंदींची मुक्तता यांसारख्या मागण्या मांडण्यात आल्या. हे पत्र मेलकोटे यांच्या कार्यालयातून पाठवण्यात आले. या पत्राने निजाम सरकार संतापले. स्वामीजी आणि मेलकोटे यांना अटक झाली. तुरुंगातून सुटल्यानंतर गोविंदभाई थेट हैदराबादला गेले. स्वामीजी आणि मेलकोटे यांच्या अनुपस्थितीत त्यांनी काही काळ हैदराबादमध्येच थांबून संघटना बांधणीचे काम हाती घेतले. या कार्यात भाऊसाहेब वैशंपायनही त्यांच्यासोबत सहभागी झाले.

महाराष्ट्र परिषदेचे तिसरे अधिवेशन ९१४१ मध्ये नांदेड जिल्ह्यातील उमरी गावात पार पडले. या वेळी गोविंदभाई तुरुंगात असल्यामुळे ते या अधिवेशनाला उपस्थित राहू शकले नाहीत. त्यांच्या पत्नी डॉ. सत्याबेन यांनी मात्र अधिवेशनाला आवर्जून उपस्थिती लावली. अधिवेशनाचे अध्यक्ष काशीनाथराव वैद्य होते.

१९४३ मध्ये गोविंदभाई आणि आ. कृ. वाघमारे यांच्या पुढाकाराने महाराष्ट्र परिषदेचे चौथे अधिवेशन औरंगाबाद येथे भरवण्यात आले. हैदराबादचे बॅरिस्टर श्रीधर नाईक हे अध्यक्ष होते. आ. कृ. वाघमारे यांनी स्वागताध्यक्ष म्हणून काम पाहिले, तर गोविंदभाई कार्यवाह म्हणून अधिवेशनाचे नियोजन आणि संचालन करत होते. अध्यक्ष श्रीधर नाईक यांनी गोविंदभाई आणि वाघमारे यांच्याशी चर्चा करून आपल्या भाषणात गोरगरिबांसाठी स्वस्त दराने जीवनावश्यक वस्तू उपलब्ध करून देण्याची आणि तळागाळातील लोकांसाठी शिक्षणाची सोय करण्याची मागणी केली. या अधिवेशनात परतूर येथे पूर्वी तयार केलेल्या घटनेस मान्यता देण्यात आली. मराठवाडा, तेलंगणा आणि कर्नाटक या तिन्ही भागांतील चळवळींच्या स्वतंत्र कार्यरत असलेल्या परिषदांचे एकत्रीकरण करण्याचा प्रस्ताव मांडण्यात आला. यासाठी संयुक्त समिती स्थापन करण्यात आली. 

गोविंदभाईंच्या सातत्यपूर्ण प्रयत्नांमुळेच संयुक्त समितीने २३ जून १९४४ रोजी पुन्हा निर्णय घेतला — तेलंगणा, कर्नाटक आणि महाराष्ट्र परिषदा एकत्र करून हैदराबाद स्टेट काँग्रेस या व्यापक संघटनेची स्थापना करण्याचा प्रस्ताव मांडण्यात आला.

महाराष्ट्र परिषदेचे पाचवे अधिवेशन १९४५ मध्ये सेलू येथे भरवण्यात आले. त्याचे अध्यक्षपद दिगंबर बिंदू यांनी भूषविले. सेलू अधिवेशनात शेतसारा न वाढवण्याची, मराठवाड्यात मराठी माध्यमातून शिक्षण सुरू करण्याची आणि मराठी भाषिक अधिकाऱ्यांची नेमणूक करण्याची मागणी करण्यात आली. इत्तेहादुल मुस्लिमीन बरोबर सरकार स्थापन करण्याचा प्रस्ताव मवाळ गटाने मांडला होता. गोविंदभाईंनी त्याला तीव्र विरोध करून अशा निर्णयाचे गंभीर परिणाम स्पष्टपणे मांडले. तो प्रस्ताव नामंजूर झाला. त्यांच्या भाषणातून त्यांची दूरदृष्टी, मुत्सद्दीपणा आणि समन्वयाची भूमिका अधोरेखित झाली. याच अधिवेशनात ‘ऑल हैदराबाद पीपल्स कॉन्फरन्स’ ची संकल्पना जन्माला आली. महिलांसाठी स्वतंत्र परिषदही निर्माण झाली. यात सुशिलाबाई दिवाण अध्यक्ष होत्या. मराठवाड्यातील महिलांमध्येही जागृतीची जाणीव होत होती.

१५ आणि १६ मे १९४६ रोजी महाराष्ट्र परिषदेचे शेवटचे अधिवेशन लातूर येथे भरविण्यात आले. या अधिवेशनाचे अध्यक्षपद आ. कृ. वाघमारे यांच्याकडे होते. परिषदेमध्ये गोविंदभाईंनी महत्त्वाची भूमिका पार पाडली. महाराष्ट्र परिषदेमध्ये संपूर्ण राजकीय स्वातंत्र्य आणि भारतात विलीनीकरण या विचारांना बळ मिळत होते. या विचारांचे प्रमुख प्रवर्तक गोविंदभाई श्रॉफ आणि आ. कृ. वाघमारे होते. स्वामी रामानंदतीर्थ यांनाही ही भूमिका मान्य होती. लातूर अधिवेशनात अध्यक्ष वाघमारे आणि गोविंदभाईंनी ‘आझाद हैदराबाद’ या कल्पनेतील त्रुटी स्पष्ट करत ती संकल्पना फेटाळली. गोविंदभाईंच्या पुढाकाराने शेतकरी, हातमाग कामगार आणि शोषित वर्गाच्या प्रश्नांवरही चर्चा झाली. तसेच गोविंदभाईंच्या पुढाकाराने संस्थानातील कम्युनिस्ट चळवळीला अधिवेशनात पाठिंबा देण्यात आला. स्टेट काँग्रेस ही सर्वव्यापक संस्था असून संस्थानातील सर्व देशप्रेमी घटकांना त्यात सामावून घेतले पाहिजे. कम्युनिस्टांची विचारधारा निराळी असली तरी ध्येय एक असल्याने त्यांनाही स्थान असले पाहिजे, असा आग्रह गोविंदभाईंनी धरला.