१९३८ आणि १९३९ ही दोन वर्षे संस्थानाच्या इतिहासात फार महत्त्वाची ठरली. निजाम सरकारच्या विरोधात अनेक संघटना उभ्या राहिल्या. धार्मिक, सामाजिक आणि नागरी हक्कांसाठी संपूर्ण संस्थानात जनतेने आवाज उठवला. यात ‘वंदे मातरम्’ चळवळीला फार मोठे स्थान आहे. या चळवळीने संस्थानात देशप्रेमाने प्रेरित तरुणांचा फार मोठा वर्ग निर्माण झाला. निजामाविरोधातल्या अंतिम लढ्यात या तरुणांनी मोलाची कामगिरी बजावली. वंदे मातरम् चळवळीची सुरुवात गोविंदभाईंनी प्रथम औरंगाबादमध्ये केली आणि त्याचे लोण संपूर्ण संस्थानात पसरले. ही चळवळ पुढे हैदराबादच्या स्वातंत्र्य संग्रामाचे केंद्रबिंदू ठरली.

त्याकाळी निजाम सरकारने शिक्षणक्षेत्रात उघडपणे धार्मिक पक्षपाती धोरण अवलंबले होते. उच्च शिक्षणासाठी उर्दू हेच माध्यम करण्यात आले. पाठ्यपुस्तकांमध्ये इस्लामी धार्मिक धडे ठेवण्यात आले. ‘दीनयात’ नावाच्या सक्तीच्या मुसलमान धर्मशिक्षणाच्या वर्गांची रचना करण्यात आली. शाळांमध्ये ‘नमाज’ची मुभा देण्यात आली. या साऱ्यामुळे बहुसंख्य हिंदू विद्यार्थ्यांना उपेक्षित वाटू लागले. ‘आसफिया प्रार्थना’ नावाचे निजामाचे गुणगान करणारे गीत सक्तीने म्हणवले जात होते. 

अशा असमानतेच्या पार्श्वभूमीवर औरंगाबादमध्ये विद्यार्थ्यांना वंदे मातरम् हे गीत म्हणू दिले नाही तेव्हा विद्यार्थ्यांमध्ये प्रचंड रोष पसरला. गोविंदभाईंनी आणि त्यांचे सहकारी व्ही. डी. देशपांडे यांनी विद्यार्थ्यांना संघटित केले. त्यांनी औरंगाबादच्या इंटरमिजिएट कॉलेजचे प्राचार्य काझी मोहम्मद हुसेन यांना निवेदन दिले – आम्हाला ‘वंदे मातरम्’ हेच गीत कॉलेजच्या आवारात म्हणायचे आहे. पण हे निवेदन नाकारण्यात आले. १६ नोव्हेंबर १९३८ रोजी कॉलेजमध्ये मध्ये वंदे मातरम् गीताला संपूर्ण बंदी जाहीर करण्यात आली. याचा परिणाम म्हणून औरंगाबादमध्ये विद्यार्थ्यांनी उपोषण सुरू केले. त्याचे पडसाद हैदराबाद मधील उस्मानिया विद्यापीठातही उमटले. आठवीपासून दहावीपर्यंतच्या विद्यार्थ्यांनी आसफिया गीतावर बहिष्कार टाकला. २८ नोव्हेंबरला उस्मानिया विद्यापीठात देखील गीतावर बंदी आणण्यात आली. बंदीच्या विरोधात विद्यार्थ्यांनी विद्यापीठाच्या सभागृहात गीताचे सामूहिक गायन केले. या विद्यार्थ्यांना वसतिगृहात डांबून ठेवण्यात आले. २९ नोव्हेंबर रोजी विद्यार्थ्यांनी ‘वंदे मातरम् स्ट्रायकर्स अ‍ॅक्शन कमिटी’ स्थापन केली. पाहतापाहता ही चळवळ संपूर्ण हैदराबाद संस्थानात पसरली. गुलबर्गा, वरंगल, कोप्पल, महबूबनगर, उदगीर अशा अनेक ठिकाणांतील तरुण विद्यार्थ्यांनी यात भाग घेतला.

संपूर्ण संस्थानात सत्याग्रहात सहभागी झालेल्या विद्यार्थ्यांना जाहीर माफीपत्र देण्याचा आदेश विद्यापीठाने काढला. विद्यार्थ्यांनी तो ठामपणे नाकारला. परिणामतः संपूर्ण संस्थानात १,२०० विद्यार्थ्यांना निलंबित करण्यात आले. त्यातले ३०० विद्यार्थी तर औरंगाबादचे होते. या विद्यार्थ्यांच्या शिष्यवृत्त्या रद्द करण्यात आल्या. अनेक विद्यार्थी नेत्यांना तुरुंगात पाठवण्यात आले. तुरुंगात त्यांचे अनंत हाल करण्यात आले. 

रामचंद्र राव या हैदराबादच्या विद्यार्थ्याला हैदराबादमधील चंचलगुडा येथील मध्यवर्ती कारागृहात डांबण्यात आले. तुरुंगात असतानाही रामचंद्र राव आणि इतर कैदी ‘वंदे मातरम्’ हे गीत गात असत. तुरुंग अधीक्षकाने त्यांना हे गीत गाण्यास मनाई केली. परंतु रामचंद्र राव याने ही बंदी धुडकावून लावत, मोठ्या धैर्याने वंदे मातरम् गाणे सुरूच ठेवले. यामुळे त्याला २४ चाबकाचे फटके मारण्याची क्रूर शिक्षा ठोठावण्यात आली. प्रत्येक फटक्याच्या वेळी रामचंद्र राव याने ‘वंदे मातरम्’ चा जयघोष केला. शरीरावरील जखमांतून रक्त वाहू लागले. बेशुद्ध पडेपर्यंत त्याने वंदे मातरम् चा नारा दिला. या घटनेमुळेच त्याला ‘वंदे मातरम्’ ही उपाधी मिळाली.

शिक्षणाचे दरवाजे बंद झाले होते, अशांसाठी गोविंदभाई आणि इतर सहकाऱ्यांनी संस्थानाबाहेर शिक्षण मिळवण्यासाठी प्रयत्न सुरू केले. नागपूर विद्यापीठाने त्यांना प्रवेश दिला, तर मध्यप्रदेशातील जबलपूर, महाराष्ट्रातील अहमदनगर, वाशिम, खामगाव, येवला येथेही शिक्षणाची व्यवस्था झाली. नागपूर विद्यापीठाचे तत्कालीन कुलगुरू जी. टी. केदार यांनी निलंबित विद्यार्थ्यांना प्राधान्याने प्रवेश देण्याचे सहानुभूतीचे धोरण अवलंबिले आणि उन्हाळी सुट्ट्या रद्द करून त्यांना शिकवण्याची विशेष व्यवस्था केली.

गोविंदभाईंनी वंदे मातरम् चळवळीची केवळ सुरुवात केली नाही तर निलंबित विद्यार्थ्यांच्या शिक्षणाचा प्रश्न सोडवण्यातही मदत केली. यासाठी त्यांनी केंद्रीय नेत्यांचे लक्ष या प्रश्नाकडे वेधून घेतले. गोविंदभाईंच्या वंदे मातरम् चळवळीतील योगदानाने हैदराबादच्या राजकीय वर्तुळात गोविंदभाईंचे नाव आदराने घेतले जाऊ लागले.

याच दरम्यान इतर अनेक संस्था, समाजसुधारक, विद्यार्थ्यांचे गट व राष्ट्रीय चळवळी निजाम सरकारच्या विरोधात सक्रिय झाल्या. या चळवळींनी निजाम सरकारला मोठ्या अडचणीत टाकले होते. पुण्यातील सेनापती बापट यांनी हैदराबाद संस्थानातील हिंदूंना नागरी हक्क मिळावेत यासाठी सीमोल्लंघनाचा निर्णय घेतला. २३ सप्टेंबर १९३८ रोजी ते हैदराबादमध्ये प्रवेश करायला गेले, पण पोहोचताच त्यांना अटक झाली आणि परत पाठवण्यात आले. त्यांनी नोव्हेंबर आणि डिसेंबरमध्ये दोन वेळा पुन्हा प्रयत्न केला, तिसऱ्यांदा त्यांना अटक करून गुलबर्ग्याच्या तुरुंगात टाकण्यात आले. त्यांची सुटका ८ जानेवारी १९३९ रोजी झाली.

या काळात ‘हिंदू नागरी स्वातंत्र्य संघ’ या संस्थेनेही संघर्ष उभारला. वाय. डी. जोशी यांच्या नेतृत्वाखाली संघाने सहा सत्याग्रह केले. नंतर सावरकरांच्या प्रेरणेने पुण्यात ‘भागानगर हिंदू निःशस्त्र प्रतिकार मंडळ’ स्थापन झाले. त्यांनी पाठविलेल्या तीन सत्याग्रही तुकड्यांनाही अटक होऊन परत पाठवण्यात आले. पुढे हिंदू महासभेने हा सत्याग्रह चालविला, तो १ ऑगस्ट १९३९ पर्यंत चालला.

दुसरी मोठी चळवळ आर्य समाजाच्या नेतृत्वात झाली. १९३२ पासून अध्यक्ष विनायकराव विद्यालंकार व सरचिटणीस नरेंद्रजी यांच्या नेतृत्वाखाली आर्य समाजाने हैदराबादमध्ये कार्यकर्त्यांचे मोठे जाळे निर्माण केले. १९३८ पर्यंत त्यांच्या दोनशेहून अधिक शाखा आणि ४०,००० कार्यकर्ते होते. मराठवाडा, कर्नाटक आणि तेलंगणामध्ये त्यांचा प्रभाव खूप  वाढला.

निजाम सरकारने धार्मिक स्वातंत्र्यावर आघात केला होता. हवन, ध्वज, मंदिर बांधणी, धार्मिक सण यांवर बंदी घातली होती. १९३७ मध्ये ‘वेदप्रकाश’ या आर्य समाजी कार्यकर्त्याचा मुसलमान गुंडांनी खून केला, तरीही सरकारने कोणतीही कारवाई केली नाही. या अन्यायाला विरोध म्हणून १९३८ मध्ये आर्य समाजाने सत्याग्रहाची तयारी केली. हैदराबादमधून सुरुवात करून, अखेर डिसेंबरमध्ये राष्ट्रव्यापी सत्याग्रह पुकारला. सभा, धार्मिक सण, आखाडे, शाळा, ओमध्वज यांवरील बंदी उठवावी ही त्यांची मागणी होती. ८ प्रमुख आर्यसमाजी नेत्यांच्या नेतृत्वाखाली सत्याग्रही तुकड्या पाठवण्यात आल्या. प्रत्येक नेत्याच्या नेतृत्वाखाली शेकडो कार्यकर्त्यांना अटक झाली.

या सत्याग्रहात डिसेंबर १९३८ ते ऑगस्ट १९३९ या नऊ महिन्यांत १२,००० हून अधिक सत्याग्रहींनी भाग घेतला. हा प्रश्न ब्रिटिश संसदेतही चर्चिला गेला. ब्रिटिशांनी निजामाला यावर तोडगा काढण्यास सांगितले. अखेर निजाम सरकारने अनेक मागण्या मान्य केल्या.

वंदे मातरम् आणि इतर संस्थांच्या या संघर्षांनी हैदराबादमधील जनतेच्या आत्मसन्मानाला दिशा दिली. नागरी व धार्मिक स्वातंत्र्याची भावना रुजली आणि निजामशाहीला सामूहिक विरोधाची जाणीव करून दिली.