रझाकारांच्या जुलमी सत्तेच्या पार्श्वभूमीवर स्टेट काँग्रेसच्या अध्यक्षपदी असलेल्या स्वामीजींनी आंदोलनाची आखणी सुरू केली. २९ जून ते १ जुलै १९४७ दरम्यान सोलापुरात स्टेट काँग्रेसच्या कार्यकारिणीची बैठक झाली. सत्याग्रह आणि भूमिगत कार्य यासाठी दोन स्वतंत्र गट तयार करण्यात आले. स्वामीजींनी स्वतः सत्याग्रहात भाग घेण्याचा निर्णय घेतला. त्यांनी तुरुंगात गेल्यावर लढ्याचे नेतृत्व करणाऱ्या कृती समितीची स्थापना केली. यामध्ये दिगंबर बिंदू (अध्यक्ष), प्राणेशाचार्य, गोविंदभाई श्रॉफ आणि जमालपूर केशवराव यांचा समावेश होता.

७ ऑगस्ट १९४७ रोजी स्वामीजींनी ‘विलीनीकरण दिन’ साजरा केला. सुलतान बाजार येथे भारताचा झेंडा फडकावून भारतात विलीन होण्याची शपथ घेण्यात आली. हजारो लोकांच्या उपस्थितीत मिरवणूक झाली. स्वामीजींना अटक होईल अशी शक्यता होती, पण सरकारने ते टाळले. मात्र, राज्यात इतरत्र अनेक कार्यकर्त्यांना अटक करण्यात आली. १५ ऑगस्ट १९४७ रोजी भारत स्वतंत्र झाला. स्वामीजींनी जनतेला अपील करून स्वातंत्र्यदिन साजरा करण्याचे आवाहन केले. पण पहाटे तीन वाजता स्वामीजींना अटक करण्यात आली. परंतु तरीही कार्यकर्त्यांनी भारतीय स्वातंत्र्याचा दिवस मोठ्या उत्साहात पाळला. हैदराबादमध्ये सुमारे ८,००० स्वातंत्र्यवादी विद्यार्थ्यांनी  मोर्चा काढला. मोर्चाने हैदराबादच्या उस्मानिया विद्यापीठात जाऊन तिरंगा फडकावला. अनेक विद्यार्थ्यांना अटक करण्यात आली. खवळलेल्या रझाकारांनी अनेक अत्याचार केले. हैदराबादेत डॉ. मेलकोटे आणि कृष्णाचारी जोशी यांनी तिरंगा हाती घेऊन भाषणे केली.

निजाम सरकारने त्या दिवशी संपूर्ण मराठवाड्यातून एकूण ३,००० हून अधिक लोकांना तुरुंगात डांबले. रझाकारांचे अत्याचारही वाढत होते. जागोजागी त्यांनी जाळपोळ, लुटालूट आणि हत्यांचे सत्र सुरू केले. रझाकार आणि निजाम सरकार यांच्याविरुद्ध इतके दिवस अहिंसक आणि लोकशाही मार्गाने लढा चालवला जात होता. परंतु शेवटच्या टप्प्यामध्ये जेव्हा रझाकार आणि निजामी सरकार यांच्या अत्याचारांना ऊत आला तेव्हा स्टेट काँग्रेसने सशस्त्र लढ्याचा पुरस्कार केला.

नोव्हेंबर १९४७ मध्ये भारत व हैदराबादमध्ये ‘जैसे थे’ करार झाला. या करारानुसार परराष्ट्र, संरक्षण आणि वाहतूक भारताकडे राहिली, तर अंतर्गत प्रशासन निजामाकडे. पण जर निजाम अंतर्गत प्रशासनात अपयशी ठरला, तर भारताला हस्तक्षेपाचा अधिकार मिळाला. स्वामीजी, गोविंदभाई आणि इतर जहालवादी नेत्यांना हा करार मान्य नव्हता. त्यांनी स्पष्ट भूमिका घेतली — निजामावर दबाव टाकून संस्थान विलीन करणे हेच योग्य. मात्र भारत सरकारच्या धोरणाचा मान ठेवत त्यांनी करार स्वीकारला.

रझाकारांचे वाढते अत्याचार, कासीम रझवीचा वाढता प्रभाव, आणि मीर लायक अली याची पंतप्रधानपदी नियुक्ती या गोष्टींनी परिस्थिती अधिकच बिकट झाली. मीर लायक अलीने स्वामीजींना भेटून मध्यस्थीचा प्रस्ताव ठेवला, पण स्वामीजींनी तो फेटाळून लावला. ३० नोव्हेंबर १९४७ रोजी स्वामीजी तुरुंगातून सुटले आणि डिसेंबरमध्ये गांधीजींना भेटायला गेले. पुढील मार्ग ठरवण्यासाठी गांधीजींचा सल्ला घेणे त्यांना आवश्यक वाटले.

जानेवारी १९४८ मध्ये बीबीनगर येथे रझाकारांनी हल्ले केले. स्वामीजींनी चौकशी आयोगाची मागणी केली आणि सत्याग्रहाचा इशारा दिला. २६ जानेवारी रोजी त्यांना पुन्हा अटक झाली. या काळात राज्यात रझाकारांविरुद्ध आवाज उठवणाऱ्या वकिलांनी ‘वकील समिती’ स्थापन केली. त्यांनी न्यायालयाचे कामकाज बंद करून रझाकार अत्याचारांविरुद्ध अहवाल पाठवण्याचे काम सुरू केले.

स्वामीजींना अटक झाल्यानंतर स्थापन झालेल्या कृतिसमितीला संपूर्ण लढ्याचे संचालन व निर्णय घेण्याचे अधिकार देण्यात आले. प्रारंभी समितीचे मुख्यालय मुंबईत होते, परंतु पुढे ते मद्रासला हलवले गेले. गोविंदभाईंनी मराठवाड्यातील लढ्याचे नेतृत्व प्रभावीपणे सांभाळले. कृतिसमितीने लढ्याचा आराखडा तयार केला आणि अध्यक्ष दिगंबर बिंदूंसह गोविंदभाईंनी दिल्लीला जाऊन महात्मा गांधी यांची भेट घेतली. त्यांनी निजाम सरकार, सैन्य, पोलीस आणि रझाकारांकडून जनतेवर होणाऱ्या अत्याचारांची सविस्तर माहिती दिली आणि सत्याग्रह्यांना सशस्त्र प्रतिकाराची मुभा द्यावी, अशी विनंती केली. रझाकारांच्या कारवायांच्या विरोधात कार्यकर्त्यांनी दाखवलेल्या धैर्याचे गांधीजींनी कौतुक केले. मात्र गांधीजी, आणि नंतर पंडित नेहरू व सरदार पटेल यांच्या भेटीत काही ठोस निर्णय झाला नाही. शेवटी गोविंदभाई आणि बिंदू परत आले व कृतिसमितीने ठरवलेल्या कार्यक्रमाप्रमाणे लढ्याची सुरुवात केली.

संस्थानाच्या सीमेबाहेर अनेक ठिकाणी कृती समित्यांची कार्यालये सुरू करण्यात आली. संस्थानात निजामाची सरकारी यंत्रणा खिळखिळी करून ती निष्प्रभ करण्याचे उद्दिष्ट होते. यासाठी भारतात सीमेपलीकडील अनेक स्वातंत्र्यप्रेमी व्यक्ती आणि संघटनांची मदत घेण्यात आली. मात्र हा लढा सोपा नव्हता. कारण त्यांना दोन लाखांहून अधिक जात्यंध, हिंसक रझाकार, आणि चाळीस-पन्नास हजारांची निजामाची फौज यांच्याशी सामना करावा लागणार होता. हा संघर्ष जसजसा तीव्र होत गेला, तसतसे त्याचे स्वरूपही बदलत गेले.

संस्थानाच्या सीमेवर अनेक ठिकाणी सशस्त्र कॅम्प उभारले गेले. कृती समितीने कॅम्पवरील कार्यकर्त्यांसाठी काही कार्यक्रम निश्चित केले होते. जंगल सत्याग्रह करणे, कोरडगिरी नाक्यांवर हल्ले करणे, निजामाच्या पोलीस ठाण्यांवर आणि रझाकारांच्या केंद्रांवर हल्ले करणे, ग्रामीण सरकारी कार्यालयांवर आक्रमणे करणे, गावांमधील पाटील, कुळकर्णी, तलाठी यांसारख्या वतनदारांकडून राजीनामे घेणे, निजामी सरकारला लेव्ही देणे थांबवणे, सरकारी गोदामांवर हल्ले करून त्यांचा ताबा घेणे इत्यादी कामे हाती घेण्यात आली.

लढ्याचे मुख्य कार्यालय मुंबई येथे स्थापन करण्यात आले होते. भाऊसाहेब वैशंपायन, आमदार कृ. वाघमारे, ललित मोहन वकील, अनंत भालेराव यांसारखे प्रमुख कार्यकर्ते या कार्यालयातून लढ्याचे समन्वय आणि नियंत्रण करत होते. लढ्याच्या विस्तारासाठी महाराष्ट्रातील मनमाड, कर्नाटकातील गदग आणि आंध्रातील विजयवाडा येथे उपकार्यालये उघडण्यात आली. मनमाड येथील कार्यालयाची जबाबदारी श्रीनिवासराव बोरीकर आणि आमदार कृ. वाघमारे यांच्या हाती होती. नागपूर, बंगलोर (आताचे बेंगळुरू), इंदूर, पुणे आणि सोलापूर येथे शस्त्रखरेदी केंद्रांची स्थापना करण्यात आली. त्यापैकी पुणे आणि सोलापूर येथील केंद्रांचे व्यवस्थापन बाबासाहेब परांजपे यांनी सांभाळले.

लढ्याचे जिल्हावार नियोजन सुसंगतपणे पार पडावे यासाठी पाच जिल्हा केंद्रे उभारण्यात आली. ती केंद्रे पुढीलप्रमाणे होती:

१. सोलापूर (उस्मानाबाद व लातूर जिल्ह्यांसाठी), २. मनमाड (औरंगाबाद व जालना जिल्ह्यांसाठी), ३. नगर (बीड जिल्ह्यासाठी), ४. वाशिम (परभणी जिल्ह्यासाठी), ५. उमरखेड (नांदेड जिल्ह्यासाठी).

प्रत्यक्ष कारवाईसाठी हैदराबाद संस्थानाच्या सीमेवर एकूण ३४ बॉर्डर कॅम्प स्थापन करण्यात आले. त्यामध्ये उस्मानाबाद भागात १०, नांदेड-परभणी भागात ५, औरंगाबाद-जालना भागात १२, आणि बीड भागात ७ कॅम्प कार्यरत होते. या कॅम्पसाठी पुढील गावांचा मुख्यतः समावेश होता:

१. उस्मानाबाद-लातूर जिल्हा: सोलापूर, बार्शी, गौडगाव, चिंचोली, वाघोली, आंबेजवळगा, कौडगाव, वागदरी, मुस्ती, पानगाव. २. नांदेड जिल्हा: उमरखेड, वाशिम, लोणी, व्याड, धानोरा, शेंबळ पिंपरी. ३. औरंगाबाद-जालना जिल्हा: मनमाड, देऊळगाव राजा, साडेगाव, कोलता टाकळी, पातोडा, शेंदुर्णी, सुरेगाव, एरंडगाव, टोका, गोवर्धन सराळा, डावरगाव. ४. बीड जिल्हा: खर्डा, पाथर्डी, मिरजगाव, डोंगरकिन्ही, बालम टाकळी, कडा.

जुलै १९४७ ते ऑगस्ट १९४८ या काळात या कॅम्पमधील स्वातंत्र्यसैनिकांनी एकूण १०६ हल्ले निजामच्या जकात नाक्यांवर, ५९ हल्ले पोलीस ठाण्यांवर, ४८ हल्ले ग्रामीण सत्तेच्या केंद्रांवर आणि ६२ हल्ले रझाकारांच्या ठाण्यांवर केले. याव्यतिरिक्त २० ते २२ ठिकाणी जंगल सत्याग्रहाचे आयोजन झाले. नांदेड जिल्ह्यात टेळकी, कंधार, बारड, डोरली, कांडली या गावांत मोठे संघर्ष झाले. संस्थानाच्या सीमेजवळील गावांत जाऊन शस्त्रास्त्रे मिळवली जात आणि ती कॅम्पांतील लढवय्यांना पुरवली जात.

बॉर्डर कॅम्पच्या कामकाजात गोविंदभाईंनी महत्त्वाची भूमिका निभावली. कॅम्पच्या सर्व हालचालींचे नियंत्रण गोविंदभाईंच्या सल्ल्याने होत असे. बदलत्या वातावरणात सैनिकी कारवाई करावी लागली तर वस्तुस्थितीची माहिती मिळवण्यासाठी दक्षिणेतील सैनिक प्रमुखाने पुण्यामध्ये गोविंदभाईंना भेटीला बोलावले. बॉर्डर कॅम्प आणि त्यांच्या हालचालींबद्दल गोविंदभाईंनी सैन्याच्या अधिकाऱ्याला माहिती दिली. जंगल सत्याग्रह, पोलीस आणि रझाकार यांच्या ठाण्यांवरील हल्ले, इत्यादी कृतींची कार्यपद्धती त्यांनी कार्यकर्त्यांना आखून दिली होती. 

मनमाड कॅम्पमध्ये पुण्याचे शिरुभाऊ लिमये आणि उत्तमराव पाटील कार्यकर्त्यांना प्रशिक्षण देत असत. पुण्याचेच प्रकाशक रा. ज. देशमुख यांच्या मदतीने बाबासाहेब परांजपे यांनी शस्त्रास्त्रे तयार करण्याचे केंद्र उभारले होते. लातूरचे राघवेंद्रराव दिवाण हे संस्थानाच्या सीमेपलीकडून बंदुका, स्टेनगन्स, गावठी बॉम्ब आणत असत. त्यांना बळवंत नागणे आणि व्यासाचार्य संदीकर मदत करत. हे स्वातंत्र्यसैनिक गावठी बॉम्ब आणि हँड ग्रेनेडही तयार करत.

डिसेंबर १९४७ मध्ये हैदराबादच्या स्वातंत्र्यसैनिकांनी एक प्रक्षेपण यंत्रणा मिळवून मुंबईत ‘जनता रेडिओ’ नावाचे केंद्र सुरू केले. भाऊसाहेब वैशंपायन आणि पद्माकर लाटकर यांनी हे केंद्र चालवले. दररोज सायंकाळी साडेसात ते साडेआठ वाजेपर्यंत त्याचे प्रसारण होत असे. हे केंद्र सहा महिने सातत्याने चालू होते.

३० जानेवारी १९४८ रोजी स्टेट काँग्रेसच्या आंदोलकांनी मराठवाड्यातील उमरी येथे निजामाची स्टेट बँक लुटून सरकारला मोठा धक्का दिला. लुटलेली ही रक्कम पुसद येथे आणली गेली. तेथे एका न्यायाधीशाच्या उपस्थितीत ती रक्कम व्यवस्थित मोजण्यात आली. त्यानंतर आंदोलकांनी ती रक्कम पुण्यात नेली. तेथे आचार्य शंकरराव देव यांच्या सूचनेवरून लेखापाल एल. एम. जोशी यांनी पुन्हा ती रक्कम मोजली व प्रमाणपत्र दिले. नंतर ही रक्कम सोलापूर येथे नेण्यात आली आणि गोविंदभाई व अ‍ॅक्शन कमिटीच्या इतर सदस्यांच्या हवाली करण्यात आली. ही रक्कम चळवळीसाठी वापरण्याचा निर्णय घेण्यात आला. उमरी बँक हल्ल्याच्या घटनेतून त्या काळच्या सत्याग्रहींच्या प्रामाणिक, पारदर्शक आणि चारित्र्यसंपन्न वृत्तीचे उत्तम उदाहरण दिसून येते. उमरी बँक लूट प्रकरणाच्या नियोजनात गोविंदभाईंचा सहभाग नव्हता. परंतु या प्रकरणात आपल्या सहकाऱ्यांचा पाठपुरावा त्यांनी कायम केला आणि यातली पारदर्शकता राखली.